由于痢疾杆菌菌株众多，潜伏期为数小时至7天，多数1~2天，而且人体健康状况与反应性各异，临床表现亦不尽相同，病热轻重不一，轻者可自愈，重者甚至还可发生循环呼吸衰竭而致死亡，为了能及时准确地诊断并采取有效地救治措施，故临床一般分为急慢性两期。常划分为：

  （1）急性菌痢 根据全身毒血症及肠道症状的严重程度，分为3个类型。

    ①非典型：多为全身中毒现象，体温正常或稍高，腹痛不著，腹泻每日3-5次，里急后重较轻，或有恶心呕吐。大便一般呈稀糊或水样，含少量粘液而见不到脓血，病程3-7天左右。

    ②典型：有全身的中毒现象，起病急，体温可高达39℃。早期有恶心、呕吐，继以阵发性腹痛及腹泻，最初数次尚有类便排出，至肠内容物排空后，排出物即为胶状粘液伴有血，后转为鲜红胶冻样，每天可多至数十次，但因量少，故失水不显著。腹痛与压痛部位，以病灶最显著的部位而定。

    里急后重感觉明显。病程持续10~15天。③中毒型：大多发生在2~7岁体质较好的儿童。起病急骤，在腹痛、腹泻尚未出现时，即有高热（可达40℃以上），精神异常萎靡，反复惊厥，迅速发生休克和呼吸衰竭，肠道症状较轻，甚至毫无腹痛、腹泻。按临床表现不同还可分为休克型、脑型、混合型。

  （2）慢性菌痢 病程超过2个月即为慢性菌痢。临床分为3型。

    ①慢性迁延型：有急性菌病既往史，长期表现不同，程度的肠道症状，如腹痛、腹泻、便粘液或附有少许脓血等，因久痢体质可明显下降。
    ②急性发作型：在慢性过程中，常因受凉进食生冷饮食或劳累等诱因而引起急性发作，表现为腹痛、腹泻和脓血便，而发热等全身毒血症症状不明

    ③慢性隐匿型：过去有菌病病史，现已长时期无临床症状，但乙状结肠镜检有异常表现，大便培养痢疾杆菌仍阳性。