首先停用可诱发本病的抗生素，如果原发病情需要可改用其他抗生素继续治疗。对轻症患者适当补液和电解质即可。重症患者应首选万古霉素治疗，每次250-500mg，每日4次，连续1~2周，但停药后易复发，复发后再用仍有效。万古霉素与消胆胺联用可提高疗效，因为消胆胺是一种离子交换树脂，可与难辨菌结合，并吸附肠内毒素。
    两者联用时，应分别在不同时间使用，因为消胆胺也可与万古霉素结合，影响后者疗效。同时注意纠正水、电解质紊乱，使用乳酸杆菌、肠球菌制剂纠正肠道菌群失调。