该药本身毒性较低，常用剂量下不良反应较少，使用时主要注意以下问题：

  （1）与磺胺药合用时可出现恶心、呕吐、药疹及肝损害等。严重肝损害者禁用。

  （2）长期大剂量用药或患叶酸缺乏症时，可出现血象变化如白细胞减少，血小板减少和巨幼红细胞性贫血等，故应避免长期大剂量应用。年老体弱及孕妇尤易发生血象异常，应避免使用。

  （3）妊娠最初3个月的孕妇应禁用，因本药有致畸反应。早产儿、新生儿也应禁用。

  （4）凡对磺胺药过敏者应禁用该药及其复方制剂酰四氢叶酸参与核酸的合成。

    磺胺类药物可抑制二氢叶酸合成酶，阻碍二氢叶酸的合成，从而影响细菌蛋白质和核酸的合成，起到抑制细菌生长繁殖作用。同服甲氧苄氨密啶时，由于甲氧苄氨密啶可抑制二氢叶酸还原酶，使二氢叶酸不能还原成四氢叶酸，使细菌叶酸的代谢造成双重阻断，因而使磺胺的抗菌作用增强数倍至数十倍，甚至出现杀菌作用，而且可减少耐药菌株的产生。所以甲氧苄胺密啶常和磺胺药合用，有磺胺增效剂之称。它也可增强抗生素如四环素、庆大霉素等的抗菌作用。