两性霉素B与许多药物有配伍禁忌：如抗组胺药、青霉素G、羧苄西林、庆大霉素、卡那霉素、多粘菌素B、四环素、利多卡因、普鲁卡因、氯丙嗉、间羟胺、甲基多巴、钙盐、维生素B及维生素C等，故两性霉素B的静脉输液中不宜加任何药物，若需联用，应分别注射，并且两性霉素B用生理盐水稀释可产生沉淀，在pH低于4.2的葡萄糖注射液中易降解失活。故两性霉素也不可用生理盐水稀释，一般可用5%葡萄糖稀释。