甲硝唑能杀灭寄生于体内各部位的阿米巴滋养体，尤对组织内阿米巴滋养体作用明显，故在治疗阿米巴肝炎和肝脓肿时，可单用本品。每次500~750mg，每日3次，5~10日为一疗程，治愈率可达80%~100%，肝脓肿于完成疗程后逐渐缩小，约经2个月左右愈合。

    对于肠内阿米巴，由于本品口服后经过小肠时绝大部分被吸收，只有很少量残存于肠腔内，难以完全消灭肠腔内的阿米巴，因此单用本品治疗肠阿米巴病时，复发率颇高，故治疗阿米巴痢疾时常联用肠腔抗阿米巴病药，以防复发。一般可采用先服本品500 ~750mg，每日3次，5~10日一疗程后，继用双碘喹琳650mg，每日3次，连用20日，以防复发。对于无症状阿米巴携带者疗效不佳，宜选巴龙霉素或双碘喹琳。