甲硝唑不良反应的发生率低，且程度轻，最常见者为恶心、食欲减退，腹泻较少见，亦可见舌炎、口内金属味、上腹部不适甚至绞痛、胃炎、便秘、头痛、眩晕、共济失调、肢体麻木和感觉异常，以及阴道和尿道烧灼感和尊麻疹等，停药后一般均可恢复本品还可致白细胞暂时降低，尤以多形核白细胞减少为明显。因此，用药1周以上或重复疗程，或用于幼儿和老年人，均应定期检查白细胞总分数本品可抑制酒精代谢，服药期间饮酒可发生中毒，故服用本品应禁酒，对妊娠妇女，哺乳妇女，均应禁用。

    本品还能增强抗凝血药的作用，避免和抗凝血药合用，以免出现出血不止。