睡眠呼吸暂停综合征的病因复杂多样，其中阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者多数有上呼吸道，特别是鼻、咽部位狭窄的病理基础，如肥胖、变应性鼻炎、鼻息肉、扁桃体肥大、软腭松弛、悬雍垂过长过粗、舌体肥大、舌根后坠及下颌后缩等。部分内分泌疾病如甲状腺功能减退症、肢端肥大症等常合并阻塞型睡眠呼吸暂停。其发病机制与睡眠状态下上气道软组织、肌肉的可塌陷性增加有关。中枢性睡眠呼吸暂停综合征患者多数有神经系统或运动系统的病变，如脊髓灰白质炎、脑炎、膈肌的病变和肌强直性营养不良等。