患肠结核的病人，因起病缓慢，早期症状不典型。增殖型往往无症状。溃疡型多有结核中毒表现，如发热、盗汗、消瘦、乏力。发热一般在38℃左右，在病变活动期或并发肠外结核时则可高热。消化系统症状有腹胀、腹泻、腹痛。腹胀往往是早期症状，以午后为著。常伴有消化不良、食欲减退、恶心、呕吐。胃酸过多或减少。增殖型肠结核以腹胀为主。
    溃痛型肠结核多有持续性腹泻。腹痛发作的同时出现腹泻，每日数次；或间歇性腹泻，每2~3周一次。大便多呈糊状，少数为水样。或者便秘与腹泻交替出现。重症溃病型肠结核腹痛重，大便每日达十数次，粪便可有粘液、脓或血。增殖型肠结核则便秘多见。腹痛为主要症状，可因病变部位不同、病理改变不同及有无外科合并症而有所不同。肠结核常并发有肠出血、肠穿孔、肠梗阻等外科并发症。

    肠结核的诊断可根据；①出现慢性腹痛、腹泻、腹胀或腹泻与便秘交替出现，伴有结核中毒症状者。②脐周围、右下腹不定期疼痛，可触及包块、条索状物并有压痛者。③肺结核患者出现腹胀、消化不良、腹隐痛、大便次数增多、潜血阳性者。④有肠穿孔、肠不全梗阻、消化性溃疡、阑尾炎等类似急腹症表现者。⑤X线、纤维结肠镜检查多处肠段有领剂充盈缺损、狭窄或激惹现象；肠镜中发现溃疡、息肉样隆起以及癫痕狭窄者。⑤粪便中找到结核菌或结素、免疫诊断阳性者。