所有服用OCs(包括低剂量OCs)的妇女均能发现凝血系统的变化，但是当受到妊娠的挑战和使用外源性雌激素时，一些妇女有易罹患血栓的遗传特质。在一项研究中，比较既往服用小剂量OCs时有/没有血栓形成的两组妇女在服用小剂量OCs后凝血功能的变化，并排除了已知有遗传性血栓疾病的妇女。两组妇女均有显著的凝血因子的变化：凝血因子Ⅶ、Ⅷ和蛋白C增加；抗凝血酶和活性蛋白C敏感度和蛋白S减少。但是，有血栓史的妇女服用OCs变化更为显著。当她们暴露于OCs时，称为“高凝血反应者”。具有遗传性的抗凝血酶Ⅲ、蛋白C或蛋白S缺陷的妇女妊娠或雌激素治疗时血栓形成的风险很高，但是在潜在OCs服用者中，她们仅占很小一部分。已明确因子VLeiden的更常见变化。这一变异基因存在于3％～5％的白色人种中。该基因编码的蛋白因子V中有一突变氨基酸，阻止蛋白因子V被活性蛋白C清除，这是一个保持凝血和纤溶平衡的重要步骤。有关服用OCs妇女的研究发现，对于血栓形成第一阶段风险，没有因子V突变妇女为2.2/10000妇女·年，而有因子V突变妇女为27．7／10000妇女年。吸烟对该风险没有影响。这一基因变异表现出显著的种族差异。3％～5％白人发现Leiden等位基因，但在非洲、亚洲、美洲印第安、爱斯基摩和玻利尼亚人中很少出现。在凝血素基因位点20210发现相似突变，称为凝血素G20210A。3％欧洲人口发现该基因，而且与服用OCs妇女静脉血栓呈强相关。

    对有遗传性抗凝缺陷妇女来说。妊娠是一更大挑战。对服用OCs期间出现静脉血栓的妇女需待其康复后进行彻底评估。评估应包括测定抗凝血酶Ⅲ、蛋白C和蛋白S的水平，活化蛋白C抵抗，血清高半胱氨酸，VLeiden因子和凝血素G20210A突变基因，以及抗磷脂抗体的检测。而不应推断激素避孕药是引起血栓性疾病的唯一原因。

    在一常规筛查VLeiden因子的研究中，作者们的结论是在服用OCs前常规筛查V Leiden因子并不正确，因为5％的白人妇女将不能得到有效避孕，而仅能防止少量的致命性肺栓塞。

而且，如果给予筛查阳性孕妇以肝素治疗，引发的致命性出血病例数可能等同或超过致命肺栓塞的数量。但是，对于有个人或家族深静脉血栓史妇女，强烈推荐在开始服用含雌激素避孕药或妊娠前予以筛查。