为什么人会患慢性肾盂肾炎？一般认为，当肾盂肾炎迁延不愈，病期超过半年以上，并有肾脏形态或功能改变时，可认为已进入慢性期。对症状隐匿的患者，则需要详细询问病史，特别是反复作尿常规和尿细菌培养，才能确定诊断。
    对于在临床上没有症状，作尿细菌培养发现致病菌的患者，则需要依靠尿细菌计数来作出诊断。过去无明确病史初次来诊就发现尿细菌阳性，并有肾浓缩功能差、尿比重低、夜尿增多，作盼红试验提示酚红排泄率下降，甚至查肾功时发现血尿素氢已超过正常或作肾盂静脉造影发现肾影缩小、肾孟肾盏疤痕狭窄、扩张等即可诊断为慢性肾盂肾炎。
    另外若判定急性期或慢性期有困难的话，可以作试验性短期治疗，获得疹愈者不应列入慢性期。

    在诊断慢性肾盂肾炎时须注意与下列疾病相区别。一是肾泌尿道结核，本病致病菌为结核杆菌，其症状、体征、尿改变与慢性肾盂肾炎相似，主要鉴别要点，肾泌尿系结核时尿频、尿急、尿疼等症状特别明显，尿沉渣检查可找到抗酸结核杆菌，尿培养阴性，而结核杆菌培养阳性。
    另外部分病人可以找到肾外结核病灶，如肺、盆腔等结核灶。二是下泌尿道炎症，如膀胱炎时有尿路刺激症状（尿频、尿急、尿痛或血尿），但无全身症状，亦无肾区叩痛。三是慢性肾炎，本病无明显膀胱刺激征，尿沉渣白细胞增高不明显，尿细菌培养阴性，尿蛋白较多。