造成卵巢性闭经的原因有很多，包括先天性性腺发育不良（大多由于性染色体异常所引起，如特纳氏综合征）、单纯性性腺发育不良（80%患者核型正常，约20%有不同类型的染色体异常，大多为缺失和平衡易位）、卵巢损伤（由于放射治疗，手术切除双侧卵巢，或因炎症或肿瘤等使卵巢组织遭受损坏）、卵巢早衰、卵巢抵抗综合征、高雄激素血症和多囊卵巢综合征、卵巢肿瘤（能产生雄激素的卵巢肿瘤，如睾丸母细胞瘤、卵巢门细胞瘤等；能产生雌激素的卵巢肿瘤，如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等）等一系列与排卵障碍有关的疾病。