早孕期患病毒性疾病容易导致胎儿畸形。约80%的传染病是由病毒引起的。孕妇受传染后，病毒能通过胎盘或生殖道粘膜传染给胎儿。

    病毒是一种强烈的生物诱变因素。成人患病时症状往往不明显或不严重，或仅为局限性感染，但对胎儿却能引起致命的病变。患病毒性疾病的孕妇，从受孕到分娩的任何阶段都可传染胎儿，引起先天性病毒感染。孕3个月前，胎盘屏障功能尚不完善，病毒通过胎盘进入胎儿，引起各类细胞染色体的断裂、畸变，或引起染色体肿胀、皱缩、粉碎化等一系列弥漫性损伤，影响器官正常发育和分化，严重时引起胚胎死亡、流产，大部分发生先天畸形和免疫缺陷病。
    有人在畸胎脑脊液中曾分离出单纯疱疹病毒，在羊水中分离出乙肝、风疹病毒。现在比较肯定能使胎儿致畸的病毒有风疹及巨细胞病毒；单纯疱疹、水痘-带状疱疹可能有致畸作用；流感、脊髓灰质炎、流行性腮腺炎、麻疹、肝炎有可疑致畸作用。弓形体原虫病有很高的畸胎率。